Criado pela Lei estadual 13.506, de 09 de setembro de 1999, o Fundo de Incentivo à Cultura do Algodão (Fialgo) está situado na Casa do Algodão e tem como objetivo participar ativamente das ações da cadeia produtiva do algodão em Goiás, bem como executar e dar suporte financeiro para execução de projetos, visando o desenvolvimento da cotonicultura goiana.

Os objetivos específicos do Fialgo constantes na Lei 13.506 são: melhorar a qualidade e incrementar o processo de industrialização da fibra do algodão produzido; promover a recuperação, estimular a expansão e aumentar a produtividade agrícola da cultura do algodão; pesquisar novas variedades de sementes; controlar pragas e doenças que atacam a cultura; treinar mão-de-obra e promover eventos técnicos.

Os principais projetos executados e/ou financiados pelo Fialgo em Goiás são:

• Projeto de Monitoramento e Controle do Bicudo;
• Dia do Algodão;
• Transferência de tecnologia com a organização e participação em eventos sobre algodão.